В 1651 (1645) г. старцем Рафаилом на правом берегу Исети у впад. Ялынки был основан Троицкий муж. монастырь с деревянными Троицкой и Покровской церквями. Рафаиловым же он стал называться после его смерти.
Монастырь неоднократно горел и в 1761 г. начинает строиться каменный (с колокольней) 5-ти главый храм с верхней Иоанно-Предтеченской и нижней Казанской Божьей Матери церквями (по др. данным с четырьмя престолами: во имя Святой Троицы, в честь Усекновения главы Иоанна Крестителя, в честь Казанской иконы Божией Матери, в честь Покрова Пресвятой Богородицы).
К 1783 г. постройка была завершена.
Последним игуменом был Андрей, который управлял Рафаиловым монастырем до 1804 г., когда братия была переведена в Иоанно-Введенский монастырь, где Андрей отказался от настоятельства и с 1811 г. жил в Московском Симоновом монастыре. Умер в 1820 г. и погребен там же.
В 1930-х годах храм был взорван, сейчас на его месте школа.


См. обсуждение (№ 19436)